Comprender las diferencias entre variantes, cepas y virus recombinantes del SARS-CoV-2

Comprender las diferencias entre variantes, cepas y virus recombinantes del SARS-CoV-2

Comprender las diferencias entre variantes, cepas y virus recombinantes del SARS-CoV-2 840 538 Constanza Armas

Traducción libre de Medscape

En el contexto brasilero, el primer caso conocido de covid-19 causado por la cepa XE fue publicado por el Ministerio de Sanidad el 7 de abril de 2022 y fue identificado en São Paulo un día antes por el Instituto Butantan. Esta variante fue descubierta a mediados de enero de este año en el Reino Unido, el sublinaje XE es un virus recombinante compuesto por una mezcla de los genomas de dos cepas Ómicron variantes: las cepas BA.1 y BA.2.

Aunque se necesitan más estudios, la Organización Mundial de la Salud (OMS) ya ha advertido de que la XE puede ser aún más contagiosa. «Según los primeros análisis de secuenciación genética disponibles, hay una ligera ventaja en su transmisibilidad respecto a la variante BA.2 Aarededor del 10%, no diez veces, como han informado algunos«, aclaró la doctora Maria Van Kerkhova, directora técnica de la OMS, en un mensaje de vídeo publicado el 9 de abril.

El virólogo Anderson Brito contextualizó la aparición de la cepa recombinante XE y explicó cómo se clasifican las nuevas versiones de SARS-CoV-2. Este científico, es biólogo de formación, licenciado en microbiología por la Universidad de São Paulo y doctor en biología computacional por el Imperial College de Londres (Reino Unido). Además, está afiliado como investigador a la Universidad de Yale (EE.UU.) e investigador científico del Instituto Todos pela Saúde (ITpS) y forma parte de la Red Pango, un equipo internacional compuesto por investigadores de la Universidad de Oxford y la Universidad de Edimburgo (Reino Unido) para supervisar la identificación y la denominación de las distintas cepas de SARS-CoV-2.

El sistema de clasificación desarrollado por la Red Pango se denomina Asignación filogenética de linajes de brotes globales con nombre (Pangolin o Pango, más sencillamente). También hay otros sistemas, como Nextclades. Según el investigador, el modelo Pango, que asigna a las mutaciones nombres como P.1, BA.1 y XE, ha sido el más utilizado para normalizar y controlar las mutaciones.

Si al principio los científicos pensaban que estos recombinantes del SARS-CoV-2 podrían ser más raros, hoy saben que la evolución del nuevo coronavirus es muy dinámica y que sus versiones aparecen muy rápidamente. «Es habitual que los linajes del SARS-CoV-2 surjan, aumenten y disminuyan su frecuencia, hasta que finalmente son tan raros que ya no se detectan«, comento Brito. Según la clasificación de Pango, estos sublinajes se nombran en formato alfanumérico hasta el cuarto nivel. Después, se les puede dar una nueva nomenclatura. «Así ocurrió con las nuevas sublíneas de la variante Delta, que a partir de la B.1.617.2 comenzaron a tener el prefijo AY, por ejemplo«, detalló el investigador.

Del mismo modo, los sub linajes de la variante Ómicron (B.1.1.529) obtuvieron el prefijo BA, y muchos de los recombinantes de Ómicron reciben hoy el prefijo X (letra que denota el cruce de linajes), como XE, XG y varios otros recombinantes con perfiles genéticos distintos. En 2021, se identificaron los sublinajes recombinantes XA, XB, XC y XD. La mayoría ya no se detecta. En 2022, esta lista ganó nombres hasta la letra S (o XS).

La regla de Pango y otros sistemas de denominación de las subcepas del SARS-CoV-2 ayudan a evitar la confusión que provocan nombres como Delta Plus o Deltacron, considerados inapropiados. «El término Deltacron pronto se hizo muy popular y llevó a la población a pensar que había una nueva cepa del virus del SARS-CoV-2, diferente de las demás, lo cual es un concepto erróneo”. De hecho, el término fue elegido erróneamente porque no designa una variante específica, sino miles de recombinaciones del virus con perfiles completamente diferentes, como las subcepas XF y XS, que son recombinantes de Ómicron con Delta.

Mientras que XF tiene un marco de linaje Ómicron BA.1 y un fragmento inicial con más características Delta, XS parece ser lo contrario. Además de las recombinaciones ya identificadas y nombradas, hay otras nuevas que aún no han obtenido un nombre.

Cuanto más se replica el virus, mayores son las posibilidades de cambios. Pero ¿qué determina la identificación de una nueva variante? «Lo que distingue a una variante no es una sola mutación, sino cientos o miles. El genoma del virus tiene casi 30.000 nucleótidos (la subunidad que forma el ADN o ARN). El cambio de cada nucleótido es una mutación«, enseña el virólogo. Esto es lo que ocurrió para dar lugar a la aparición de las variantes de preocupación llamadas Alfa, Beta, Gamma, Delta y Ómicron, que son las más conocidas.

Se han detectado unas mil variantes del nuevo coronavirus en el mundo desde el comienzo de la pandemia. De ellas, las que se han vuelto más transmisibles, patógenas o que ofrecen un mayor escape a los mecanismos de protección de las vacunas se denominan variantes preocupantes (VOC).

Las versiones directamente relacionadas del virus constituyen linajes, como Ómicron BA.1 y BA.2. En una analogía, el Dr. Anderson los comparó con los miembros de un grupo familiar que tienen el mismo ancestro: «Los Limes son más parecidos genéticamente entre sí, al igual que los Brito. Pueden tener similitudes, pero son linajes humanos distintos, con sus propias características. En otras palabras, somos linajes humanos distintos porque sufrimos mutaciones. Con los virus, la lógica es la misma«, explico.

En este momento, los expertos están buscando las respuestas del cuerpo humano a las recombinaciones existentes. La única certeza es que las vacunas disponibles ofrecen protección contra las formas graves de la enfermedad, la hospitalización y la muerte si una persona se infecta por una de las versiones mixtas ya identificadas.

«Si la persona estuvo expuesta a Delta hace unas semanas y ahora se expone a un virus recombinante que es más Delta que Ómicron, el cuerpo reconocerá varios fragmentos de Delta, pero hay un trocito que no le pertenece, como si fuera una [máscara] de Ómicron. Esto puede traer un poco de confusión a nuestro sistema inmunológico porque es algo que nuestro cuerpo nunca ha visto en su vida«, dice el virólogo.

Cabe recordar que la elevada circulación de más de un tipo viral al mismo tiempo facilita la aparición de recombinaciones, esos mosaicos virales. «Lo más probable es que muchos de los virus que surjan no tengan mucha más ventaja sobre sus competidores, porque estos virus compiten entre sí. Quien sea más rápido en la propagación tendrá descendencia. Los que son un poco más lentos pronto disminuirán su frecuencia«, menciono el Dr. Anderson.

Tampoco se puede decir que un virus desaparezca. «Puede que sólo sea en una frecuencia muy baja. La variante Gamma no ha desaparecido, seguramente está en algún lugar del mundo circulando casi en silencio porque se ha vuelto rara. Vamos creando resistencia a ella hasta que otra variante con alguna característica ventajosa consiga superponerse«. Por eso es importante recordar al organismo, con el refuerzo de la vacuna, que es necesario producir continuamente defensas contra el nuevo coronavirus.

 

De este modo, los que han tenido covid-19 por la variante Ómicron o anterior son igualmente susceptibles de contraer XD o XE, pero eso no significa que la infección sea más fuerte o más débil. «Gracias a las vacunas, el cuerpo humano ya tiene barreras contra el virus. El problema es que algunas personas son más vulnerables y no han desarrollado esas defensas con tanta fuerza. La sociedad tiene que reconocer que hay personas más vulnerables, ser solidaria y utilizar medidas de protección para evitar el contagio«. El investigador recuerda que las variantes y recombinantes del nuevo coronavirus son objeto de una vigilancia constante.

Panorama mundial

Según el último boletín epidemiológico publicado por la OMS el 5 de abril, la variante Ómicron BA.2 ya es prevalente en los 68 países en los que se dispone de datos de secuenciación del gen del virus del SRAS-CoV-2. Según el informe, el número total de secuencias de Ómicron presentadas por los investigadores de todo el mundo mantiene la tendencia a la baja. Sin embargo, entre sus sublinajes, la proporción relativa de BA.2 ha aumentado hasta el 93,6% y BA.1.1 registra el 4,8% de los casos. Mientras tanto, BA.1 y BA.3 son menos del 0,1% de todas las cepas de Ómicron que circulan.

En Sudamérica, concretamente, la cepa BA.2 de Ómicron ha empezado a aumentar más recientemente y a un ritmo más lento que en otros lugares. Divulgados en las redes sociales el 24 de marzo, los datos del Instituto Todo por la Salud (ITpS) basados en el análisis de 118.639 pruebas de covid-19 tomadas entre el cinco de diciembre de 2021 y el 19 de marzo de 2022 revelaron que en tres semanas se produjo un aumento de la proporción de casos sospechosos de BA.2 del 3,8% al 27,2% de las muestras positivas. Según la OMS, los datos deben entenderse teniendo en cuenta las diferencias en la capacidad de secuenciación, la vigilancia y las estrategias de contención de cada país.