COVID-19

Informations générales

COVID-19

Qu’est-ce que le
SARS-CoV-2 ?

Le SARS-CoV-2 appartient à la famille des coronavirus (CoV), dénomination liée à la « couronne » que forment certaines protéines à la surface de ces virus. Il a été identifié pour la première fois à Wuhan en Chine, en décembre 2019.

Plusieurs coronavirus sont déjà connus pour être capables d’infecter les humains : trois coronavirus saisonniers responsables de symptômes hivernaux sans gravité (rhumes), le SARS-CoV responsable du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le MERS-CoV responsable d’une atteinte respiratoire potentiellement sévère (Middle East Respiratory Syndrome). Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus pathogène pour l’Homme. Il est responsable de la maladie COVID-19 (COronaVIrus Disease 2019).

abc covid 19 - informacion general -sars cov 2

L’origine du SARS-CoV-2 n’est pas totalement élucidée. Particulièrement fréquents chez certains animaux, les coronavirus ne franchissent qu’épisodiquement la barrière d’espèces pour infecter l’Homme. Il existe cependant des exceptions, comme le SARS-CoV qui a été accidentellement transmis à l’Homme via la consommation de civettes masquées et le MERS-CoV via les dromadaires.

Le SARS-CoV-2 est génétiquement plus proche des virus infectant les chauves-souris que du MERS-CoV ou du SARS-CoV. Mais, jusqu’à présent, aucune transmission virale directe n’a été décrite entre cette espèce et l’humain. C’est pourquoi les chercheurs estiment probable que la transmission à l’Homme a eu lieu par le biais d’une espèce hôte intermédiaire. Le pangolin a été initialement identifié comme porteur d’un coronavirus proche du SARS-CoV-2, toutefois plusieurs éléments laissent douter de cette possibilité, notamment parce que les séquences génétiques du virus responsable de l’épidémie actuelle et celles du coronavirus qui infecte le pangolin conservent des différences significatives.

Origine de SARS-CoV-2 (source CNRS)

Restent deux hypothèses :

  • Le virus aurait été transmis de la chauve-souris à l’Homme via une espèce animale non encore identifiée
  • Le virus aurait circulé depuis plusieurs années chez l’Homme, à bas bruit, jusqu’à ce qu’une mutation récente l’ait rendu plus virulent et pathogène.

Comment ce virus se transmet-il ?

Le SARS-CoV-2 se transmet depuis une personne infectée vers une personne non infectée par deux voies principales:

Voie directe

Le contact direct avec la personne infectée ou une surface qu’elle a contaminée.

Voie indirecte

La transmission aérienne (ou aéroportée) du virus via des gouttelettes ou un aérosol émis par la personne infectée.

Des gouttelettes (1 µm à 1 mm) sont émises par notre bouche et notre nez lorsque nous parlons, crions, chantons, toussons ou éternuons. Les aérosols correspondent quant à eux à des suspensions de particules plus petites (quelques nanomètres à 100 µm).

Il existe en réalité un continuum entre gouttelettes et aérosol qui, dans la pratique, rend artificielle la distinction entre ces deux modes de vectorisation du virus.

Concrètement, en l’absence de masque, une personne infectée émet des gouttelettes chargées de virus, dont les plus grosses se déposent par gravité sur les surfaces à proximité immédiate. Une personne « saine » peut alors s’infecter en touchant la zone contaminée avec les mains puis en les portants à sa bouche, son nez ou ses yeux. Le virus peut persister plusieurs heures sur une surface inerte contaminée. La durée de sa persistance varie selon la nature de la surface, les conditions de température, d’humidité et de luminosité environnantes.

Mais ce n’est pas tout : plus le diamètre des gouttelettes émises par la personne infectée est faible, plus ces gouttelettes peuvent être entraînées à distance par l’air ambiant, et y rester en suspension. Le virus peut ainsi s’accumuler dans l’air intérieur d’un local mal ventilé et conduire à sa transmission aéroportée.

Le virus est rarement présent dans le sang, le sperme, les sécrétions vaginales, les urines ou les selles. En réalité, cette situation concernerait essentiellement des personnes qui ont développé une forme grave de la maladie. Quoi qu’il en soit, aucun cas de transmission par ces différentes voies n’a été rapporté. Par ailleurs, les cas de transmission intra-utérine sont exceptionnels et le virus n’a pas été identifié dans le lait maternel.

COVID-19

Moment et durée de la transmissibilité

  • Le SARS-CoV-2 est le plus contagieux juste avant et immédiatement après l’apparition des symptômes.
  • La contagiosité diminue rapidement jusqu’à être presque nulle environ 10 jours après l’apparition des symptômes chez les patients légèrement à modérément malades et 15 jours chez les patients gravement malades et immunodéprimés. La plus longue durée de viabilité virale qui ait été rapportée jusqu’à présent est de 20 jours à compter de l’apparition des symptômes.
  • Les PCR ARN SARS-CoV-2 persistantes positives chez les patients guéris sont courantes mais sont généralement associées à des valeurs Ct élevées, reflétant de faibles charges virales. Ceux-ci n’indiquent pas un virus capable de se répliquer et ne sont pas associés à une contagiosité.
  • Les tests PCR qui alternent entre les résultats positifs et négatifs chez les patients qui se sont rétablis de la COVID-19 reflètent très probablement la variabilité d’échantillonnage et de faibles niveaux de débris viraux à la limite de détection. Il est peu probable que ces patients soient contagieux.
  • L’infection confère au moins une immunité à court terme dans la plupart des cas; cependant, la durée de l’immunité n’est pas claire et plusieurs cas de réinfection ont maintenant été confirmés.
COVID-19

La nouvelle maladie pandémique

COVID-19

Quand est-on contagieux ?

Il se déroule en moyenne 5 à 8 jours entre l’infection par le virus et la possibilité de le transmettre à un tiers, que l’on développe des symptômes ou non. Le risque de transmission est maximal à l’apparition de ces symptômes (lorsqu’on en a), mais il débute en moyenne 2 à 3 jours avant. Ce risque diminue ensuite exceptionnel après 14 jours. Attention, ces durées ne sont que des moyennes : plus les symptômes sont sévères et persistent, plus la possibilité de transmettre le virus se prolonge.

Nota Bene:

  • Une personne COVID-19 positive transmet en moyenne le SARS-CoV-2 de 2 à presque 6 autres personnes.
  • 44% de ces transmissions secondaires a lieu alors que la personne COVID-19 positive est asymptomatique.
COVID-19

Le SARS-CoV-2 mute-t-il ?

D’une manière générale, les virus à ARN peuvent muter plus facilement que les virus à ADN. Cela tient à leur façon de répliquer leur génome lorsqu’ils se multiplient, un processus qui a tendance à générer des erreurs. Toutefois, comme d’autres coronavirus, SARS-CoV-2 est plutôt stable car il possède une enzyme qui corrige ces erreurs (une exoribonucléase).

Depuis le début de l’épidémie, de très nombreuses mutations du SARS-CoV-2 ont été décrites dans la littérature. Le plus souvent, il s’agit de la modification d’un seul nucléotide, mais des délétions de gènes sont aussi rapportées. La vaste majorité de ces mutations ne présente aucune caractéristique préoccupante. Toutefois, depuis fin 2020, plusieurs lignées de virus qui présentent des modifications problématiques sont apparues :

Variant britannique.

Le « variant britannique », plus contagieux que la souche virale « historique », et vraisemblablement plus souvent responsable de formes sévères de Covid-19.

Variants sud-africain et brésilien.

Les variants « sud-africain » et « brésilien », a priori moins sensibles à l’immunité acquise grâce à un vaccin ou à une infection antérieure.

Variant breton.

Le variant « breton », difficile à détecter avec les tests diagnostiques classiques.

Pour plus d'informations:
COVID-19

Comment l’infection par le virus se déroule-t-elle ?

Le virus pénètre dans l’organisme via les voies aériennes, depuis le nez et la bouche. Une partie de sa protéine de surface (la région RBD de la protéine S) se fixe au récepteur ACE2 exprimé à la surface des cellules qui tapissent nos voies respiratoires. Une autre protéine cellulaire (TMPRSS2) permet ensuite au virus de pénétrer dans la cellule. Une fois à l’intérieur, il utilise la machinerie cellulaire de l’hôte pour s’y multiplier. De nouveaux virions se forment et vont infecter de nouvelles cellules.

Ainsi, l’affinité de la liaison entre la protéine S et le récepteur ACE2 détermine le niveau de la réplication virale et la sévérité de la maladie. Bloquer expérimentalement le récepteur ACE2 ou TMPRSS2 permet d’empêcher le virus de pénétrer dans les cellules et se répliquer.

Le récepteur ACE2 est présent à la surface d’autres cellules que celles du tissu respiratoire, comme au niveau du système digestif, du cœur ou des vaisseaux sanguins…

Ceci explique vraisemblablement l’existence de symptômes extra pulmonaires. Mais le mécanisme par lequel les récepteurs ACE2 sont activés au niveau de ces organes reste à déterminer.

L’infection déclenche rapidement la production de molécules impliquées dans l’inflammation, un moyen naturel de lutte contre les infections : des cytokines (IL-6, IL-8, IL-10…) et d’autres médiateurs (TNF-alpha). Ces molécules exercent une action antivirale locale et attirent des cellules immunitaires capables d’éliminer les cellules infectées (monocytes, macrophages, lymphocytes T).
Si cette réponse initiale est inefficace, la production des cytokines devient anormale et engendre un phénomène hyperinflammatoire : cet évènement, appelé orage cytokinique, survient souvent autour du 8e jour suivant le début des symptômes. Il induit une réponse immunitaire incontrôlée dont les conséquences peuvent mettre en jeu le pronostic vital et imposer une admission en réanimation.

COVID-19

Quels sont les symptômes
de la maladie ?

covid 19 sintomas - fiebre
Fièvre
covid 19 sintomas - tos
Toux sèche
covid 19 sintomas - cansancio
Fatigue

La façon dont se manifeste la Covid-19 est très hétérogène et une part non négligeable des personnes qui sont infectées ne développent pas de symptômes. Il est difficile d’évaluer exactement cette proportion, puisque, par définition, aucun signe clinique ne permet de les identifier. Néanmoins, la littérature internationale suggère qu’ils représentent entre 20 et 50% des patients infectés.

Chez les autres, la nature et la sévérité des symptômes est variable. Les manifestations les plus fréquemment citées par les patients, quel que soit leur âge, sont les signes classiques d’infection respiratoire : fièvre et toux. L’infection peut aussi provoquer une accumulation de liquide dans les bronchioles et engendrer une gêne respiratoire (dyspnée).

D’autres symptômes peuvent accompagner ou remplacer ces symptômes, de façon moins systématique : douleurs musculaire (myalgies), maux de tête (céphalées), maux de gorge, congestion nasale, nausées, vomissements, diarrhées… La survenue brutale d’une perte de goût (agueusie) ou d’odorat (anosmie) en l’absence de rhinite peut aussi être un signe de Covid-19.
Sur le plan dermatologique, certaines personnes développent un érythème (rougeur) ou une éruption, et plus rarement des pseudo-engelures notamment au niveau des orteils. Il est encore difficile de savoir si ces dernières sont liées à la maladie elle-même.

Enfin, en particulier chez les personnes âgées et lorsque aucune autre cause n’est identifiable, certains signes apparus brutalement peuvent être des signes atypiques de la maladie, comme des malaises, des chutes à répétition ou un état confusionnel.

COVID-19

Comment la maladie évolue-t-elle ?

Dans 80% des cas environ, les symptômes restent légers ou modérés et disparaissent après 5 à 14 jours. Chez certains, la gêne respiratoire liée à l’accumulation de liquide dans les bronchioles peut conduire à un manque d’oxygénation du sang et nécessiter une hospitalisation.

La plupart des formes graves se développent dans la deuxième semaine suivant l’apparition des symptômes, lorsqu’un syndrome hyperinflammatoire survient dans la continuité de l’accumulation de liquide dans les voies respiratoires. Celui-ci peut conduire à une insuffisance respiratoire, voire à un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) imposant l’admission en réanimation.

abc covid 19 - informacion general -consulta medica

D’autres complications potentiellement graves peuvent aussi apparaître, comme une insuffisance rénale, des troubles du rythme cardiaque, des événements thromboemboliques (formation de caillots dans la circulation sanguine), des surinfections bactériennes ou une septicémie.

Personnes à risque de développer une forme sévère de la maladie

L’analyse des données épidémiologiques montre que l’âge (plus de 65 ans) et le sexe (masculin) favorisent le développement d’une forme grave de la maladie. Elle montre aussi que les personnes souffrant de certaines pathologies ont plus de risque de développer une forme grave de Covid-19 que les autres. Il s’agit principalement de:

  • Pathologies cardiovasculaires (hypertension artérielle compliquée, antécédents d’AVC ou de chirurgie cardiaque…).
  • Diabète mal équilibré ou compliqué.
  • Pathologies chroniques respiratoires (asthme sévère ou mal contrôlé, BPCO…).
  • Insuffisance rénale (sujets en dialyse).
  • Obésité (IMC supérieur à 30 kg/m²).

En raison d’un risque présumé, les recommandations incluent également cette liste:

  • Immunodépression (liée à un médicament, à un cancer, au VIH…).
  • Cirrhose avancée.
  • Syndrome drépanocytaire majeur.
  • Grossesse (troisième trimestre).

Personnes concernées par ces dernières situations, le risque est extrapolé à partir des connaissances sur des maladies virales respiratoires mieux connues, comme la grippe, le SARS-CoV ou le MERS-CoV, mais les données épidémiologiques ne permettent pas de le confirmer avec certitude à ce jour. Par exemple en France, les plus de 65 ans représentent trois quarts des personnes diagnostiquées qui nécessitent une hospitalisation et la moitié de celles qui nécessitent une réanimation. Les 45-64 ans comptaient pour un peu moins de 20% des hospitalisations. L’apparition des variants devenus parfois majoritaires modifie cette répartition.

Par ailleurs, les hommes sont 2 à 3 fois plus nombreux que les femmes à présenter une forme de la maladie qui nécessite une admission en réanimation.

Qui décède de la Covid-19 ?

Selon les données disponibles début novembre 2020, plus de 9 patients sur 10 décédés de la Covid-19 sont âgés d’au moins 65 ans. Les décès sont exceptionnels chez les moins de 15 ans (0,05% chez les 5-17 ans), mais concernent environ 8% des personnes septuagénaires infectées et 15% de celles de plus de 80 ans.

LES SYMPTÔMES LES PLUS COURANTS DE LA COVID-19 SONT LA FIÈVRE, LA TOUX SÈCHE ET LA FATIGUE.

Les tests: comment s’y retrouver ?

Il existe trois grands types de tests : les tests virologiques et les tests antigéniques, qui recherchent la présence du virus dans l’organisme à un instant donné, et les tests sérologiques, qui détectent les anticorps produits par l’organisme suite à l’infection par le SARS-CoV-2. Les premiers permettent d’établir si on est porteur du virus au moment du test, tandis que les seconds permettent de savoir si on a déjà été infecté par le virus, qu’on ait présenté des symptômes ou non.

Les tests virologiques:

Ils détectent le matériel génétique du virus grâce à une méthode qui permet d’amplifier des fragments du génome viral présent dans un prélèvement (RT-PCR).
Il existe deux types de tests virologiques:

  • Ceux réalisés à partir d’un prélèvement nasopharyngé de cellules de la muqueuse respiratoire.
  • Ceux, plus récents, réalisés à partir d’un prélèvement salivaire.

Les premiers sont plus sensibles que les seconds et, de ce fait, les tests sur prélèvement salivaire sont plutôt réservés aux personnes qui présentent des symptômes (HAS, 18.09.20), afin de réduire le risque de résultats faussement négatifs. Les tests nasopharyngés restent la méthode de référence.

En moyenne, le virus est détectable dans les prélèvements nasopharyngés 2 ou 3 jours avant l’apparition des symptômes et 7 à 10 jours après environ. Il est donc peu utile de réaliser un test passé ce délai. Toutefois, certaines personnes conservent des traces de matériel génétique du virus au niveau de l’épithélium respiratoire une fois la maladie terminée. Il est donc possible qu’un test soit positif une à deux semaines suivant la fin des symptômes, alors que l’individu n’est plus contagieux.

Les tests antigéniques:

Ils détectent une des protéines du virus (généralement la protéine de nucléocapside N) dans un prélèvement nasopharyngé ou nasal, simplement mélangé à un réactif. La mise en œuvre du test est semblable à celle des tests de grossesse : quelques gouttes du mélange sont déposées sur une bandelette qui change de couleur en fonction de la présence ou de l’absence du virus dans le prélèvement. Le résultat est connu en moins d’une heure.

Le principal avantage de ces tests est d’être plus simple et rapide à conduire que les tests virologiques de référence (RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé). Ils sont cependant moins sensibles et une confirmation du résultat par RT-PCR peut être nécessaire

Les tests sérologiques:

Ils détectent des anticorps spécifiques dirigés contre le SARS-CoV-2, à partir d’un échantillon de sang. Ces tests sont réalisés en laboratoire. Des tests rapides d’orientation diagnostique (TROD) peuvent être disponibles en pharmacie de ville : ils reposent sur le même principe, sont plus faciles à réaliser, mais moins sensibles. Leur résultat nécessite une confirmation par un test sérologique en laboratoire.

Lorsqu’un test sérologique est positif, la présence d’anticorps indique qu’on a été infecté par le SARS-CoV-2, mais cela ne permet pas de savoir si on est contagieux, ni si les anticorps détectés nous confèrent une immunité contre une nouvelle infection.

Peut-on acquérir une immunité contre la maladie ?

Il est établi que l’infection par le SARS-CoV-2 induit une réponse immunitaire. La plupart des personnes infectées produisent des anticorps (immunoglobulines ou Ig) dirigés contre une protéine présente en surface du virus, la protéine S (Spike). La production des Ig de type M (IgM) et de type G (IgG) débute après la première semaine et atteint un pic entre la 2e et la 3e semaine suivant l’infection. Ensuite, le taux de ces anticorps semble décroître avec le temps, mais il n’est pas encore possible de préciser combien de temps leur présence persiste.

Néanmoins, il est difficile de savoir si le fait d’avoir été infecté par le virus implique que l’on est immunisé : si ces anticorps sont bien développés, ils ne sont pas forcément neutralisants, c’est-à-dire capables de bloquer le virus pour empêcher le développement de la maladie. Ainsi, la présence d’anticorps témoigne avant tout du fait que l’organisme a été en contact avec le virus, sans que l’on soit certain qu’elle offre une protection contre une nouvelle infection.
Par ailleurs, même en présence d’anticorps neutralisants, il est difficile de dire combien de temps l’immunité procurée persistera. Si elle ne dure que quelques mois, il est possible d’être réinfecté au-delà de ce délai.

De rares cas de réinfection ont été rapportés à travers le monde : ils pourraient être dus à un défaut de réponse immunitaire. Ces réinfections pourraient aussi s’expliquer par le fait que les personnes qui ont eu une forme atténuée ou asymptomatique de Covid-19 semblent développer moins d’anticorps que celles qui ont présenté des symptômes importants. Les études se poursuivent à ce sujet.

Questions fréquentes